上原康一在放暑假前撿到一塊神秘石頭，清洗后意外喚醒沉睡數百年的河童幼崽小咕。一人一怪迅速建立深厚友誼，全家共同守護這個秘密。當小咕渴望回歸族群時，康一攜其展開尋找同類的旅程，在遠野縣原始森林發現理想棲息地，卻遭遇獵奇村民威脅。返程后媒體意外曝光引發連鎖反應，小咕被迫參與電視節目時遭遇童年目睹父親慘死的仇人，在恐慌中逃離至東京塔頂。瀕臨崩潰的小咕被人類喧囂徹底擊垮，虛弱地凝視都市叢林喃喃自語。關鍵時刻康一聯合遠野村民重現自然結界，用燈籠引導迷失的河童之子重歸深山秘境，在滿月映照下完成跨越三百年的生命傳承。