4400人被未來世界的人帶走后送回，一年間地球已發生巨變。科利爾關閉了Arcadia Estates及私人住宅，將土地改建為供4400人棲身的避難所，并籌備成立"4400人中心"，允許外界深入接觸這群特殊群體以探究其秘密。隨著神秘能力的流言四起，公眾分裂為包容與恐懼兩派：部分人主張接納這些"天選者"，另一些則擔憂他們威脅人類安全。4400人各自努力重建被中斷的人生，其中部分個體開始顯現治療、預知等特殊能力。當避難所面臨政府監管壓力與民間抗議活動時，科利爾暗中獲取的未來科技逐漸顯現風險。與此同時，諾亞等未來人持續向4400群體傳遞信息，暗示人類正走向某個決定性時刻——這群被選中者將在即將爆發的文明危機中扮演關鍵角色，其抉擇將直接影響物種進化的走向。