《4400》第三季承接海灘事件一年后的故事，4400名被未來人劫持又送返的回歸者引發全球性震蕩。Tom經歷醫療觀測后重返國家技術援助中心，因能力受限轉而從事文書工作，同時竭力保護兒子免受政府實驗性研究，并期待與Diana重續合作關系。Diana歷經多次失敗搭檔后，通過銷毀不利檔案幫助Tom回歸一線，并正式收養女兒Maia。Richard、Lily與六個月大的特殊嬰兒仍隱居山間，遠離Collier的Arcadia社區。此前關閉私人地產并建立避難所的Collier，本季著手籌建4400人中心，旨在引導公眾探索回歸者群體。當他因接觸Lily腹部產生毒性反應被Shawn治愈后，成為這位擁有治療能力少年的監護人，并借其特殊性為研究中心爭取資源。隨著回歸者神秘能力傳聞擴散，社會逐漸分化為接納與排斥兩大陣營。所有4400人均在各自生活重建過程中，逐步被卷入關乎人類命運的重大事件中。