經過厚生省官員白鳥圭輔（仲村亨飾）和東城大學附屬醫院醫生田口公平（伊藤淳史飾）的努力，日本引進首臺新型核磁共振成像儀器"利維坦"。與此同時，某高級別墅地下室發生九人離奇死亡事件，其中厚生省唯一支持引進利維坦的船橋審議官死于現場。海歸教授東堂文昭（生瀬勝久飾）利用利維坦查明死因為氰化物中毒，卻因異常執著引發白鳥對其動機的懷疑。在Ai中心研討會前夕，田口收到威脅摧毀"三頭犬之塔"——利維坦的恐嚇信，通過與記者別宮葉子（桐谷美玲飾）的合作調查，發現系列事件矛頭指向因白鳥圭輔過往醫療決策而家破人亡的櫻宮堇（栗山千明飾）。隨著倒計時推進，白鳥與田口在Ai中心展開生死對峙，最終通過解除炸彈裝置使利維坦得以保存。櫻宮堇在與白鳥當面對質后選擇自殺，其遺言揭露了醫療體系深層矛盾對個體命運的殘酷碾壓。