哥斯拉突然從海底出現(xiàn)，在東海村登陸后對(duì)市內(nèi)建筑群及核電站展開(kāi)破壞。日本自衛(wèi)隊(duì)雖以重型火力實(shí)施攔截，卻無(wú)法阻止其推進(jìn)。危機(jī)管理情報(bào)局的官博士在茨城縣海溝探測(cè)到直徑200米的古代隕石，內(nèi)部攜帶的未知有機(jī)體與哥斯拉釋放的能量產(chǎn)生反應(yīng)后迅速增殖異變，最終生成擁有自我修復(fù)能力的巨型怪獸奧加。雙方在東京西新宿區(qū)域展開(kāi)激烈對(duì)抗，哥斯拉憑借原子吐息與強(qiáng)韌體魄摧毀奧加再生組織，最終將其徹底消滅。戰(zhàn)斗結(jié)束后，哥斯拉在城市中留下巨大破壞痕跡后返回海洋，人類社會(huì)雖暫時(shí)解除危機(jī)卻仍籠罩于未知威脅的陰影之下。