故事舞臺設定在13年前東京秋葉原發生的六名少女離奇失蹤懸案"秋葉原神隱"。曾被譽為天才創作者的新城大輝為游戲展籌備以該事件為藍本的互動式推理游戲《AKIBALOST》，卻在發布會后接到神秘電話威脅要求終止開發，否則將重現悲劇。擔任游戲測試員的大輝妹妹葵突然失蹤后，大輝被迫在完成作品與營救親人之間抉擇。隨著調查深入，發現當年失蹤者遺留的神秘符號竟與秋葉原地下游戲廳"幻影基地"有關，而此次綁架案的作案手法與13年前高度相似。警方確認新舊案件存在同一性，游戲測試團隊成員陸續遭遇針對性威脅，最終通過復原失蹤者最后接觸的虛擬空間系統，揭開了跨越時空的連環誘拐真相。