《錦衣覓蹤》延續首季劇情，現代青年葛德霖因母親病危被迫穿越至明朝尋找神秘藥方，在歷經重重險阻帶回成果后，卻被幕后黑手告知所得藥方為贗品。隨著真相逐漸浮出水面，多方勢力相繼登場——既有朝廷內部意圖掌控藥方秘密的錦衣衛高層，也有潛藏民間企圖借機顛覆政權的江湖勢力。葛德霖在與少女沈若兮、謀士陸長風等伙伴的協助下，逐步揭開藥方背后的驚世秘密：此物不僅關聯著跨越時空的醫學奇術，更暗藏著足以動搖朝局穩定的關鍵線索。各方圍繞藥方展開的爭奪戰逐漸升級，而葛德霖也必須直面自己被選中的真正原因，在兩個時空的生死較量中完成救贖。