《仁醫2》完結篇延續前篇劇情，歷史依舊向著既定方向有條不紊的前行。南方仁（大澤隆夫飾）以大夫的身份在江戶時代生存了下來，所開設的醫館仁友堂亦步入正軌。一天他得知橘咲（綾瀨遙飾）的母親患了當時普遍的腳氣病，由此決意制作并普及可治愈該病的點心。與此同時，坂本龍馬（內野圣陽飾）出現在仁面前請求幫助。仁隨龍馬來到京都救治勝海舟的師父佐久間象山，竟從蘇醒的后者口中得知了驚人的往事。禁門之變后京都滿目瘡痍，原本留下救人的仁被新撰組帶至薩摩藩救治西鄉隆盛。此后，坂本龍馬牽線西鄉隆盛與長州藩，促成薩長同盟。親歷著幕末日本局勢的陡然巨變，仁對自己之于這個時代意義有了嶄新的認識。在不遠的未來，他將重新邂逅尋找新生活的野風（中谷美紀飾），隨著倒幕運動接近尾聲，南方仁最終選擇留在江戶時代繼續行醫濟世，前篇中圍繞野風真實身份的謎團亦在時代洪流中得到解答。