地球持續(xù)遭遇禍威獸侵襲，人類成立特殊怪獸應(yīng)對(duì)部隊(duì)（禍特隊(duì)）展開(kāi)防御。隨著禍威獸破壞規(guī)模升級(jí)，政府投入資源持續(xù)增加卻難以為繼。神秘巨人突然現(xiàn)身戰(zhàn)場(chǎng)，在擊退禍威獸的同時(shí)引發(fā)全球關(guān)注，其真實(shí)身份成為謎團(tuán)。調(diào)查中發(fā)現(xiàn)巨人與已故超級(jí)英雄的關(guān)聯(lián)，并揭示外星文明通過(guò)操控禍威獸實(shí)施地球改造計(jì)劃。禍特隊(duì)與巨人展開(kāi)合作，在對(duì)抗外星勢(shì)力的過(guò)程中逐步揭開(kāi)人類存續(xù)的真相。最終通過(guò)犧牲與傳承，雙方在東京灣展開(kāi)決戰(zhàn)阻止地球環(huán)境重置程序，巨人以光之形態(tài)完成使命消失于晨曦中。