被外星人植入控制芯片的恐龍王突然對地球發起攻擊，迷你特工隊面對失控的遠古巨獸屢戰屢敗。在能源基地即將被摧毀之際，曾與恐龍王共同成長的少年楊冒險潛入其體內核心裝置。通過播放兩人童年時期守護森林的記憶影像，恐龍王眼部的紅色控制光逐漸消退。最終在楊提供的遠古能量石作用下，恐龍王徹底掙脫外星人操控，與迷你特工隊協同作戰，用組合必殺技摧毀了隱藏在隕石中的外星母艦。地球重歸和平后，恢復記憶的恐龍王選擇留在特工隊擔任戰術顧問，而楊也實現了成為跨物種和平使者的畢生理想。