東京都高度育成高等中學以升學率、就職率達百分之百及每月十萬圓點數獎勵為表象，實則奉行嚴格的階級制度。綾小路清輝等人在一年級第三學期升入C班后，因特別考試惜敗A班而再度降格至D班。升入二年級后，綾小路與輕井澤惠確立情侶關系，堀北鈴音則徹底擺脫對兄長的執念。在新生與二年級生共同參與的筆試特別考試中，月城暗中安排Whiteroom組織成員偽裝新生潛入考場。這些受雇的刺客以破壞考試平衡為目標，試圖通過信息泄露與心理操控制造混亂。面對跨學年的危機，綾小路團隊在維持班級秩序的同時，還需應對因關系變動產生的內部矛盾。這場混入敵對勢力的學術較量，成為檢驗D班凝聚力與生存策略的關鍵考驗。