星元122年，在眾多企業擴展至宇宙并構筑巨大經濟圈的時代，邊境地區水星的少女蘇萊塔·墨丘利轉入MS產業巨頭貝納里特集團所屬的阿斯提卡西亞高等專門學園。懷揣母親遺言而來的蘇萊塔，隨身攜帶著胸口鮮紅閃爍的神秘裝置。作為搭載「覺醒系統」的高達駕駛員，她駕駛Aerial高達的能力逐漸引發多方勢力關注。貝納里特集團副會長格蕾米婭通過「魔女狩獵」計劃意圖掌控蘇萊塔，而其母體機體的真相與「寂靜零號機」的威脅逐漸浮出水面。隨著普羅斯佩拉身份揭露與GUND研究所事件爆發，蘇萊塔在維護學園獨立性、保護同伴的過程中，最終選擇以非暴力方式化解企業軍事化矛盾。