公安九課少校草薙素子（坂本真綾配音）在休假期間突接巴特（松田健一郎配音）通報(bào)，西之內(nèi)商業(yè)大廈遭恐怖分子襲擊并造成政府高官與企業(yè)巨頭遇害。行動(dòng)中草薙指揮石川、波瑪、帕茲等隊(duì)員擊潰敵人，但自身意外感染神秘病毒。與此同時(shí)，新濱縣水壩突發(fā)爆炸案，刑警陀古薩（新垣樽助配音）傳喚涉事企業(yè)負(fù)責(zé)人沙特博士時(shí)遭遇阻撓，對(duì)方系來(lái)自戰(zhàn)亂國(guó)卡森共和國(guó)的卡爾迪斯裔技術(shù)人員。后續(xù)情報(bào)顯示兩起案件均指向卡爾迪斯游擊隊(duì)，其通過(guò)網(wǎng)絡(luò)操控與實(shí)體襲擊的聯(lián)動(dòng)，試圖揭露日本政府對(duì)卡森內(nèi)戰(zhàn)期間生化武器實(shí)驗(yàn)的技術(shù)包庇。草薙的病毒感染引發(fā)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)異常，迫使其加速完成義體化改造并深入追查真相。案件最終揭露跨國(guó)軍工企業(yè)與情報(bào)機(jī)構(gòu)的黑箱交易，成為公安九課成立后首次直面國(guó)家暴力機(jī)器的標(biāo)志性事件。本片改編自士郎正宗原作，為前傳"ARISE"三部曲的終章。