灰原哀在本片中回憶了自己作為黑衣組織科學家的過往。她曾以代號"雪莉"的身份參與APTX4869藥物研發，因目睹姐姐宮野明美遭組織殺害而叛逃。影片重點展現了她服下自制藥劑縮小身體、與工藤新一相遇并化名灰原哀的過程。通過閃回揭示了其父母曾參與組織科研工作，以及她為擺脫控制而暗中協助警方收集證據的關鍵抉擇。列車場景貫穿敘事，串聯起她對過往罪行的懺悔與對抗組織的決心。