在都市內(nèi)出現(xiàn)連續(xù)女性被殺事件，警方調(diào)查發(fā)現(xiàn)兇手是異形怪物。主角風(fēng)祭真因頻繁夢(mèng)到相關(guān)場(chǎng)景而備受困擾。其父是遺傳學(xué)研究所的科學(xué)家，風(fēng)祭真自愿成為治療絕癥的實(shí)驗(yàn)品，卻被瘋狂科學(xué)家鬼塚用于實(shí)施危險(xiǎn)的Lv3遺傳因子操作實(shí)驗(yàn)，意外變身為生化戰(zhàn)士“真·假面騎士”。鬼塚背后的真正勢(shì)力是企圖將風(fēng)祭真改造為軍事武器的神秘組織“財(cái)團(tuán)”。獲得超能力后，風(fēng)祭真識(shí)破實(shí)驗(yàn)真相并逃離財(cái)團(tuán)控制，在調(diào)查案件過程中與該組織派出的超級(jí)改造戰(zhàn)士豪島展開激戰(zhàn)。真最終在決戰(zhàn)中擊敗豪島，但因體內(nèi)基因不穩(wěn)定而面臨生命威脅，同時(shí)發(fā)現(xiàn)財(cái)團(tuán)仍在暗處策劃更大陰謀。