在這個世界中，除了人類和妖怪外，還存在著返祖妖怪——由人類與妖怪結(jié)合產(chǎn)生的混血物種。因血統(tǒng)不純正，返祖妖怪常遭同類驅(qū)逐甚至追殺，由此誕生了專為其提供庇護(hù)的設(shè)施"妖館"。每位入住者均配備被稱為SS的護(hù)衛(wèi)，白鬼院凜凜蝶（日高里菜配音）與御狐神雙熾（中村悠一配音）的故事由此展開。妖館內(nèi)還居住著性格悠閑卻內(nèi)心細(xì)膩的反之冢連勝（細(xì)谷佳正配音）與護(hù)衛(wèi)雪小路野薔薇（日笠陽子配音）、不良少年渡貍卍里（江口拓也配音）與護(hù)衛(wèi)夏目殘夏（宮野真守配音）、狂放不羈的青鬼院蜻蛉（杉田智和配音）與護(hù)衛(wèi)髏髏宮歌留多（花澤香菜配音）。隨著返祖妖怪們逐漸找回丟失的記憶，埋藏于妖館創(chuàng)立初衷及SS制度本質(zhì)的秘密開始浮現(xiàn)。凜凜蝶在與同伴的羈絆中直面自身過往，眾人最終發(fā)現(xiàn)記憶缺失與純血妖怪主導(dǎo)的社會迫害存在直接關(guān)聯(lián)。在對抗壓迫的過程中，SS護(hù)衛(wèi)制度的深層含義以及返祖妖怪們作為新物種存在的意義逐漸清晰。