清朝初期，康熙皇帝年少即位，奸臣專權導致民不聊生。民間反清組織"天地會"首領陳近南（劉松仁飾）遭追殺時被市井少年韋小寶（周星馳飾）所救，遂收其為徒并派往皇宮擔任臥底，任務是盜取藏有清朝機密的四十二章經。小寶憑借機敏與康熙（溫兆倫飾）建立深厚交情，逐步晉升為朝廷重臣。面對皇帝的信任與天地會的使命，小寶陷入雙重困境：既要完成師父交代的任務，又不忍傷害真心相待的少年天子。當其試圖逃離宮廷時，陳近南派來的監視者將其強制帶回，并安排他繼續潛伏。此后小寶遭遇雙重危機——鰲拜余黨與假太后（袁潔瑩飾）勢力聯手追殺，天地會亦因身份暴露與其爆發激烈沖突。在多方角力中，小寶周旋于王宮權斗與江湖恩怨之間，最終借康熙之力鏟除鰲拜集團，并揭露假太后隸屬神龍教的陰謀，使天地會與朝廷聯手擊潰敵對勢力。