在戰斗的最后取回了自己的世界并回到各自位置的Gatchaman健、Tekkaman城二、Polimar武士與卡辛鐵也四人，因察覺"惡魔黨"對多元世界的跨維度威脅，與神秘少女笑再度跨越時空屏障。他們降臨的世界中，南部博士創立的"科學忍者隊"正與肆虐全球的惡魔黨展開激戰，但四位異界英雄卻發現時空法則出現異常扭曲。當健試圖與南部博士接觸時，對方卻因軀殼被惡魔黨生化技術操控而露出陌生神情，并以冰冷語調宣告"你們已成為我的敵人"。與此同時，始終在暗處觀測的神鷹喬因被植入虛假記憶而陷入立場混淆。面對科學忍者隊核心成員的雙重異變，四大英雄必須在時空崩壞前解構惡魔黨的維度操控裝置，這場關乎多元宇宙存續的戰役最終以東京塔為軸心展開終極對決。