外星人回到地球開始執行他們控制人類的計劃，它們準備實施的攻擊任務正威脅著的生死存亡。這次入侵者采用了更先進的武器系統和基因改造技術，通過制造能適應地球環境的生化戰士對人類進行精準打擊。以C·托馬斯·豪威爾飾演的角色為核心的抵抗組織發現，外星艦隊指揮中樞依賴地球磁場進行能量傳輸。在經歷數次失敗的突圍后，反抗軍成功劫持外星運輸裝置深入敵方母艦，并利用反物質反應堆引發連鎖爆炸摧毀了主控核心。但最終顯示有部分外星個體提前啟動休眠程序，為后續威脅埋下隱患。