《女校通緝令》講述了警局里有名的倒霉兄弟"鼠標"和"鍵盤"，總是功勞沒份，投訴成堆，兩個人彼此看不順眼，一心想著能換掉這個倒霉的搭檔。處長答應他們如果成功破獲一次案子就考慮他們換搭檔的請求，于是二人自告奮勇地來到一所貴族女校擔任臥底，追查一起關于"面膜上癮"的案件。在接頭人Boos楊的支持下，兩人雖然烏龍不斷，但憑借女性裝扮獲得不少便利，漸漸摸清線索。與此同時，兩個倒霉兄弟驚訝地發現這所學校內還隱藏著一起走私軍火案，在臥底查案過程中，二人摒棄成見開始認真追尋線索。最終通過聯合行動成功摧毀了以校長為首的軍火走私集團，并因默契配合獲得上級認可，延續了搭檔關系。