這是一座地處大山深處、人口稀少的小村莊。村中的小學內，孩子們歡快的呼聲仿佛就在昨天，然而如今這里卻再也看不到一個小天使的身影。人口老齡化和過疏化讓村子變得老態龍鐘，暮氣沉沉。前校長（坂本長利飾）打理著早已關閉的舊校舍，就像對待自己的孩子般戀戀不舍，而校舍終將迎來拆除的命運。某天，曾在該小學長大的野田（西島秀俊飾）回到村中，如今他是某博物館館員，因為學校內出土了繩文時期的文物而被派來做清查。此外，他還希望能夠找到當初親手埋下的時間膠囊。隨著調查深入，野田發現二十年前孩子們集體失蹤事件與當地"哈梅爾的笛子"傳說存在關聯——當年前校長為阻止政府強制遷村，假借民間故事制造了孩童被魔笛帶走的幻象。當野田最終在地下室發現所有失蹤者留下的真實蹤跡時，前校長選擇以生命守護這個維系村莊精神的謊言。