《地下特工》以動作巨星尚格·云頓本名飾演的Jean-Claude Van Johnson為主角，他表面是從事建筑行業的普通承包商，實則曾是經驗豐富的特工。因某次關鍵任務失敗后選擇隱退，他與前女友Charlene（凱特·福斯特飾）的關系也隨之斷裂。當跨國犯罪組織試圖通過非法渠道交易大規模殺傷性武器時，情報部門不得不重新啟用這位退役特工。Charlene作為CIA資深聯絡官被指派監督此次行動，兩人被迫在追蹤武器流向的過程中直面未解的情感糾葛。Van Johnson既要應對危險的任務目標，又試圖通過完成任務證明自己的改變以挽回Charlene的信任。隨著調查深入，他們逐漸發現這次行動與Van Johnson過往執行的任務存在致命關聯，迫使兩人在對抗敵人時不得不重新建立合作關系。