五年后，Amazon威脅看似平息，但人類Amazon化現(xiàn)象持續(xù)蔓延。政府秘密成立4C組織強制清除感染者，少年千翼在亞馬遜叢林被養(yǎng)大后成為假面騎士AmazonNeo展開對抗。他首次對烏鴉Amazon戰(zhàn)士優(yōu)產(chǎn)生特殊情感，而優(yōu)的真實身份是遭父親殺害后以Sigma型改造復(fù)活的Amazon。4C為制造更強生物兵器暗中操控實驗，千翼與優(yōu)逐漸發(fā)現(xiàn)組織陰謀，并在對抗同類的過程中探尋人類與Amazon的共存可能。兩人既要面對體內(nèi)野性的吞噬本能，又要在血腥陰謀中守護僅存的人性羈絆。