《斗龍戰士5》的故事發生在人類世界與龍源紀交織的背景下。突如其來的原始恐龍入侵和阿萊達星獸基地被破壞事件，根源直指龍源紀遺失的鎮守令——龍的密令。這道神秘指令的消失導致兩個世界的平衡被打破，兇暴恐龍與黑暗勢力開始滲透人類領域。以祖麗晴、劉紅韻為首的斗龍戰士們肩負起修復裂痕的使命，他們必須穿越危機四伏的遠古遺跡，在龍始祖引發更大災難前尋回密令碎片。隨著調查深入，戰士們發現黑暗勢力正利用失控的恐龍軍團建立統治，并遭遇了被扭曲力量侵蝕的強大對手。在經歷龍源紀核心區域的最終決戰后，斗龍戰士們通過凈化密令殘片中的黑暗能量，成功重組鎮守令并關閉了跨維度通道。這場跨越雙世界的危機以龍源紀秩序重建和人類世界恢復平靜告終，但密令失控背后隱藏的更高位面秘密仍為后續故事埋下伏筆。
