《漢城別曲》以朝鮮正祖時期為背景，講述接連發生的連環殺人案件引發朝廷與民間動蕩的懸疑故事。正祖為穩定政局派遣御前刑獄主簿李貞明（真理翰飾）徹查案件，卻在追緝過程中發現每起命案均指向不同身份的特殊群體，并意外牽扯出二十年前被湮滅的政治陰謀。隨著調查深入，王宮內侍金素賢（金賀恩飾）因掌握關鍵證物卷入風波，與李貞明形成既對立又合作的關系。真相逐漸浮出水面——現任權臣為掩蓋先王時期的政治丑聞，通過操控司法系統制造連環命案以肅清知情者。最終案件核心證據指向王室內部權力斗爭，迫使正祖不得不在真相與政權穩定間作出抉擇。