女百贊星人為復仇派遣黑色奧特曼夏德襲擊地球，哉阿斯在南極決戰中慘敗導致能量核心受損。目睹戰友重傷的朝日勝人陷入自我懷疑，選擇離開防衛組織MYDO。夏德持續釋放黑暗能量侵蝕地球環境，并通過主控制光線劫持包括星見透在內的多國要員。為迫使哉阿斯公開現身，女百贊星人操控夏德在東京灣制造巨型黑洞威脅人類存亡。失去戰斗意志的勝人在透遭遇生命危險時覺醒，重新與MYDO成員啟動光粒子共振裝置。最終哉阿斯在眾人信念支持下突破黑暗封鎖，與夏德展開光之國技術與暗黑科技的終極對抗。