接續(xù)前作《哥吉拉X機(jī)械哥吉拉》的故事，一年前與哥吉拉的決戰(zhàn)後，受損37%的機(jī)龍失去右腕及絕對(duì)零度炮。維修組員中條義人在八王子基地負(fù)責(zé)修復(fù)工作期間，其叔父信一在嬰兒島遇見(jiàn)小美人精靈。小美人警告人類以哥吉拉骸骨製造機(jī)龍的行為觸犯自然規(guī)律，若啟用機(jī)龍將迫使摩斯拉成為敵人。信一隨即說(shuō)服身為總理大臣的老友五十嵐中止計(jì)劃，但太平洋的哥吉拉蹤跡與摩斯拉的現(xiàn)身使局勢(shì)急轉(zhuǎn)直下。2004年適逢哥吉拉誕生50週年，本片延續(xù)前作核心矛盾，聚焦機(jī)龍與摩斯拉的對(duì)立。國(guó)會(huì)議事堂、東京鐵塔等標(biāo)誌性建築在戰(zhàn)火中遭毀，機(jī)龍與摩斯拉的攻防最終演變?yōu)槿交鞈?zhàn)。中條義人繼承守護(hù)使命，於操作員內(nèi)訌與個(gè)人信念間掙扎。關(guān)鍵結(jié)局中，小美人以祈禱平息哥吉拉怒火，機(jī)龍與摩斯拉的衝突因人類正視錯(cuò)誤而終結(jié)，地球威脅隨之化解。電影在特?cái)z技術(shù)與人文關(guān)懷層面均達(dá)新高度，展現(xiàn)系列作的歷史傳承。