草帽海賊團在航行途中意外獲得藏寶圖碎片，得知傳說中的秘寶"海之臍"隱藏在一座會隨潮汐消失的孤島深處。眾人乘船抵達目標海域后，發現島嶼中央的巨型漩渦實為通往地底海洋遺跡的入口。在探索布滿機關的迷宮時，路飛與伙伴們既要應對守護秘寶的原住民阻撓，又遭遇企圖獨占寶藏的海軍部隊圍剿。隨著遺跡核心的巨大生命之樹顯現，眾人發現這顆蘊含海洋能量的結晶實為維持整片海域生態平衡的關鍵。最終路飛選擇放棄帶走秘寶，在與原住民和解后，眾人借助漲潮脫離即將坍塌的遺跡。