江戶川柯南因阿笠博士家浴室故障，隨小蘭、灰原哀前往大眾浴池時滑倒撞頭并被兩名神秘人帶走。天才詐欺師娜娜與殺手近藤將失憶的柯南藏匿于隱蔽別墅，偽裝成其父母。阿笠博士與灰原哀追蹤途中遭遇嚴重車禍受困，而娜娜所屬的犯罪組織計劃實施炸彈恐怖襲擊。與此同時，《周刊少年Sunday》編輯水島早苗因懷疑丈夫近藤有外遇，委托毛利小五郎展開調查。隨著調查深入，以柯南為核心誘餌的連環陰謀逐漸顯露：犯罪團伙試圖通過制造爆炸案為被逮捕的首領復仇。最終柯南在眾人協助下恢復記憶，與毛利小五郎及警視廳聯手破解炸彈危機，近藤與娜娜的犯罪計劃徹底敗露并被警方逮捕。