城南大學研究生本鄉猛（黃川田將也飾）被神秘組織修卡改造為假面騎士后淪為犯罪工具，某次執行任務時意外覺醒人性。他在襲擊雜志記者綠川（小嶺麗奈飾）及其未婚夫矢野克彥（高野八誠飾）時恢復意識，卻因克彥死于改造人之手而被綠川誤認為兇手。為洗清罪名并對抗修卡，本鄉開始獨自追查組織據點。調查過程中他遭遇身份成謎的假面騎士2號（溫茲瑛士飾），發現對方竟與克彥容貌相同。隨著戰斗升級，本鄉得知2號真實身份是修卡干部一文字隼人改造的強化戰士。在摧毀修卡地下基地的關鍵戰役中，兩位假面騎士合力粉碎了組織制造怪人統治世界的陰謀。本片改編自石之森章太郎漫畫原作，重塑了經典特攝英雄的起源故事。