1999年，墜落地球的巨大隕石奪去了整個海洋。與此同時，地球外生物WORM亦開始在世界各地繁殖。為了對抗在一瞬間支配了廣泛地區的WORM，人類成立了對WORM組織ZECT。ZECT開發出幪面超人系統，投入戰場與WORM展開激戰，時間就在這場戰爭中渡過了七年。2006年，在這個沙漠化的地球上，部分ZECT的成員因為不滿組織的束縛而結成獨立團體NEOZECT，而ZECT亦開始對這群背叛者進行肅清。就在這時，天道總司，即是假面騎士KABUTO的出現，令戰局產生極大變化。ZECT總部得到一顆巨型冰塊彗星正在接近地球，於是提出「天空之梯子計劃」，於大氣層的太空站設置巨型CLOCKUP機器，製造轉移空間把彗星拉往地球，製造出莫大的水源。透過這個計劃，ZECT的權力就會越趨龐大，足以支配地球。此舉實為ZECT首領神代凌士的陰謀，試圖以彗星能量消滅所有WORM宿主實現人類純化。從天道手上得知這項情報的NEOZECT，亦決定搶奪這個計劃，壓抑ZECT繼續增大權力。為了組織而戰的ZECT戰士大和鐵騎與矢車想；為了自由而戰的NEOZECT戰士織田秀成和風間大介；為了最愛的日和而戰的加賀美新，還有揭示自己原蟲進化體身份並試圖調和人類與WORM矛盾的天道總司；以及身份神秘的黃金假面騎士。在各人思想交錯的漩渦中，假面騎士的戰鬥已延伸到浩瀚宇宙，最終在軌道電梯核心展開決定地球命運的對決。
