第二波"凈化"開始了，石丸、櫻井、岸、甲斐、李等日本政商界要人們按照名單順序逐個被殺。然而，日本政府堅決貫徹不屈服于恐怖分子的態度。警察、對亞特選群、自衛隊、美國國防部，還有亞人管理委員會官員戶崎和高中生亞人永井圭，都在暗中潛伏著。亞人過激派集團也終于開始行動了。史上最惡最兇的恐怖分子佐藤的真實目的逐漸顯露——通過制造大規模社會恐慌引發全面戰爭，以此迫使亞人在極端沖突中覺醒生存意義。各方勢力在東京都心展開最終對決，永井圭與戶崎通過周密布局，在自衛隊和對亞人特選部隊配合下成功瓦解佐藤的"末日計劃"，其核心成員在決戰中全數被捕。這場危機促使日本政府重新審視亞人管理政策，為后續社會變革埋下伏筆。