寬永十五年德川幕府鎮壓天主教徒，引發血腥的島原之亂導致兩萬教眾遇害。深夜復活的教首天草四郎時貞（沢田研二飾）棄絕信仰墮入魔界，誓向幕府復仇。他先后將細川夫人（佳那晃子飾）怨靈、心懷遺憾的宮本武藏（緒形拳飾）、寶藏院胤舜（室田日出男飾）及滅族的伊賀忍者霧丸（真田広之飾）引入魔界，邪力大增。細川夫人化名阿玉蠱惑四代將軍家綱（松橋登飾），柳生但馬守宗矩（若山富三郎飾）雖欲除魔卻壽數將盡，臨終前反被魔道吞噬。柳生十兵衛（千葉真一飾）作為最后希望，孤身闖入魔界與天草四郎展開最終對決，在斬殺宮本武藏殘魂后，于魔界核心以必死之志與天草四郎決戰。經激烈交鋒，十兵衛借柳生家秘傳劍術貫穿天草四郎魔核，將其與所有邪靈一同封入地脈。幕府恢復平靜，但十兵衛亦因魔氣侵蝕化作石像永鎮封印之地。本片改編自山田風太郎同名傳奇小說，融合戰國史實與奇幻元素。