《神獸金剛之青龍再現》延續《神獸金剛》系列動畫的故事背景，講述了神獸戰隊為保衛地球，與外星球黑暗勢力咒冥帝作戰的故事。一直覬覦地球水資源的咒冥帝，召喚出地球上的遠古巨獸——肥遺獸，發動了更大規模的掠奪攻勢。但神獸戰隊的5位成員——青龍超人葉輝、麒麟超人林聰、白虎超人張力、朱雀超人趙燕和玄武超人陳鋒各顯神通，通過組合神獸金剛的力量展開反擊。在雙方力量懸殊的決戰中，戰隊成員突破自身極限覺醒新形態能力，最終通過默契配合擊潰肥遺獸的防御核心。隨著咒冥帝的能量源泉被徹底摧毀，地球水資源危機得以解除，神獸戰隊以團結之力守護了家園和平。