《探案錄骨笛魔音》中閆飛查出上海近期發生的離奇命案真兇乃喪失神識力大無窮的改造人，改造人四處殺人令社會大亂。黃俊以神笛之音控制了局面，因而被段司令提拔成新任市長。黃俊聯手閆飛追查背后真相，線索指向日本731部隊遺留實驗室及人體改造計劃。調查過程中閆飛發現其父竟已被改造成實驗體，失蹤一年的白凌突然現身提出合作要求。白凌揭露黃俊實為潛藏魔頭，其一年前利用731部隊實驗室復活父親黃朗并建立秘密基地，通過活體實驗制造具備超能力的不死戰士。為實現征服世界的野心，黃俊精心設計陰謀使閆飛誤殺親父，并借市政權力逐步實施改造人統治計劃。面對黃俊派出的追殺部隊與真相帶來的精神重壓，閆飛、白凌及正義盟友展開殊死對抗，在破解骨笛控制音波與摧毀改造人基地的行動中尋求破局之機。