科學家為軍事目的秘密培育兩棲超級士兵，卻在核試驗中失控引爆核彈。輻射余波喚醒了沉睡的遠古河童，這個因人類貪婪而變異的巨大怪物席卷東京，令毫無準備的日本陷入滅頂之災。危急關頭，被囚禁在深山神社的神秘水妖八千代顯身。這個因目睹同類滅絕而心懷死亡執念的生物，背負著最后的使命與河童展開決戰。在科學家協助重建防御系統的同時，八千代以自我獻祭為代價將河童引向海底深淵，用生命平息了這場因人類傲慢引發的災難。