明朝中葉，皇帝震怒于軍糧虧空案，欽定"空印案"嚴查。三法司衙（六扇門）首席捕頭季同歸奉旨追查，卻遭權宦構陷致滿門抄斬，僅以身免后隱姓埋名繼續暗訪。隨著案情水落石出，東廠提督與內閣首輔合謀叛亂的驚天陰謀浮出水面。季同歸聯合錦衣衛指揮使，在紫禁城戒嚴的危局中展開殊死較量，最終以鐵證揭破兩派奸黨勾結貪墨的罪行。六扇門與錦衣衛突破重重封鎖，于午門決戰中擒獲叛首，在朝廷平定內亂的動蕩時刻完成使命。案件終結時，季同歸以殘破之軀在刑場遺書明志，見證司法綱紀的重建。