日本戰國時期，分屬不同大名的忍者集團展開暗戰。伊賀忍者耶麻汰（三元雅蕓飾）、陣內（柏原收史飾）與同伴在月夜執行刺探任務時突遇神秘火球，返回村落匯報后奉命深入森林調查真相。途中與同門凜林（肘井美佳飾）及其同伴會合，眾人結隊探入密林時遭遇外星異形襲擊。這些具備極強攻擊性的生物以液態金屬般靈活的軀體獵殺忍者，耶麻汰等幸存者雖突圍而出，卻目睹異形族群已在村落大肆繁衍吞噬人類。在首領壯烈犧牲后，幸存忍者聯合運用傳統手里劍與火焰噴射裝置，在坍塌的山洞中與異形女王展開最終對決，以慘重代價終結了這場跨維度入侵危機。