《超棒少年偵探所第二季》圍繞阿比·伯格曼、安娜·庫克等學齡期偵探展開，講述他們在各類犯罪案件發生時，通過提出機智問題并協作調查破解真相的故事。每當突發疑案出現，這群少年偵探便以敏銳觀察力和獨特推理方式介入調查，從校園盜竊到社區謎案均能抽絲剝繭。劇中通過環環相扣的案件推進，展現他們面對復雜線索時分工協作的過程，并凸顯少年們在破案過程中逐步建立的團隊默契。每集結尾均以案件成功告破收束，延續了第一季"總能破案"的核心設定。