宮藤芳佳在摧毀Neuroi巢穴的戰(zhàn)斗中失去魔法力量，501部隊解散后返回扶桑享受平靜生活。在原上官坂本等人的安排下，她與曾是海軍兵學(xué)校的坂本學(xué)生服部靜夏同行，前往歐洲醫(yī)學(xué)校留學(xué)。與此同時，原501部隊成員們雖分散各地生活，卻因芳佳重返歐洲及新出現(xiàn)的Neuroi威脅跡象逐漸重聚。當(dāng)芳佳與靜夏在歐洲旅途中遭遇前所未有的強(qiáng)敵Neuroi時，芳佳陷入生死存亡的至暗時刻。關(guān)鍵時刻，501部隊成員突破重重阻礙完成集結(jié)，在全員協(xié)作下成功逆轉(zhuǎn)戰(zhàn)局，最終以新型戰(zhàn)術(shù)裝備與團(tuán)隊默契配合擊潰Neuroi主力部隊。