網代慎平因青梅竹馬小船潮的死訊回到故鄉日都島,參加葬禮時從好友菱形窗處得知潮的死因存在疑點。次日鄰居全家離奇失蹤事件發生,同時島上流傳著"目擊與自己相同影子者將被其殺害"的恐怖傳聞,潮的妹妹澪更透露姐姐死前曾見過該異影。隨著慎平展開調查,發現死者均與潮生前接觸過的神秘"影子人"有關。在烏鴉頭目菱形窗、科學天才白鳥羽未等伙伴協助下,慎平逐漸揭開影子人通過時間循環不斷復制并殺害原主人的真相。最終眾人在跨越72次死亡輪回后,成功摧毀寄生生物"日都島之影"的真支配者形態,以犧牲時空連續性的代價終結了這場跨越二十年的連環殺戮。