《星際之門：亞特蘭蒂斯第二季》延續第一季懸念展開，探險隊在南極洲發現的星際之門已將韋爾博士、謝帕德少校、福特中尉等人類成員與泰勒戰士組成的團隊帶往天馬座星系。面對以幽靈族（Wraith）為首的威脅，團隊需破解亞特蘭蒂斯古城的零點模塊（ZPM）能源危機，在抵御持續圍攻的同時探索星系中其他人類文明。第二季重點展開三條主線：福特中尉因攝入幽靈族酶劑獲得超常力量卻逐漸失控，最終導致其背叛團隊并接受機械改造；韋爾與謝帕德在生死考驗中萌發微妙情愫卻受制于職責身份；探險隊通過與躍遷者文明合作及深入幽靈族母星行動，逐步掌握敵方生物科技弱點。全季以成功奪取關鍵ZPM模塊并擊退大規模圍攻收尾，同時為后續揭露古代人遺跡與幽靈族起源埋下伏筆。