三年前的8月31日，突如其來的"侵略者"—一艘巨大的母艦降落東京上空，釋放出吞噬人類的惡魔軍團，世界陷入末日危機。盡管各國軍隊展開殊死抵抗，母艦仍持續懸浮在東京上空三年之久。在這被絕望籠罩的時期，高中少女小山門出與中川凰蘭表面維持著普通校園生活，暗地里卻加入反抗組織"破曉"。兩人通過特殊裝置獲取對抗惡魔的能力，在調查母艦核心秘密的過程中，逐漸發現侵略者與人類高層達成的禁忌契約。隨著抵抗組織接連遭受重創，她們不得不在維持日常表象與執行危險任務間反復切換。母艦持續釋放的紅色能量云籠罩天際，暗示著最終決戰即將來臨，而少女們背負的秘密也與這場浩劫存在著某種隱秘關聯。