一場火災(zāi)燒掉了初中男生南云孝士賴以生存的公寓，父親不知所蹤后他流落街頭，最終被女大學(xué)生和知米涅兒救助。后者提議南云擔(dān)任自己就讀學(xué)校的女生宿舍"社管"職務(wù)，使他得以在解決住處問題的同時自食其力。這座被稱作"女神宿舍"的特殊場所僅接納具有特定特質(zhì)的女生，南云在此結(jié)識了純情內(nèi)向的早乙女亞典娜、性格豪爽的戰(zhàn)咲基麗耶和行為舉止獨特的電波系少女八月朔日賽勒涅。作為宿舍中唯一的男性管理者，南云不僅要應(yīng)對日常管理事務(wù)，更在與性格迥異的少女們朝夕相處中逐漸走出人生低谷。宿舍成員各自背負(fù)著不為人知的過往，而女神宿舍本身亦暗藏著超自然力量的秘密。隨著南云持續(xù)追查父親失蹤真相，他與少女們共同面對的謎團正逐步顯現(xiàn)其全貌。